Гладкоствольное ружье Benelli M3 Super 90 является дальнейшим развитием ружья М1 в направлении универсальности применения. Используя ту же автоматику с инерционным перезаряжанием, отпиранием поворотного затвора, ружье М3 получило и альтернативный режим работы - ручное перезаряжание при помощи продольно подвижного цевья - так называемое помповое перезаряжание.

Помповый режим позволяет отстреливать из ружья боеприпасы, развивающие слишком малую или наоборот, слишком большую отдачу. Кроме того, в конструкцию введена отсечка магазина, позволяющая при стрельбе в помповом режиме заряжать ружье при отведенном назад затворе по одному патрону через окно для выброса гильз.

Выбор режимов "полуавтомат"-"помпа" осуществляется специальным вращающимся кольцом с насечкой, расположенным в передней части подвижного цевья. Рукоятка взведения затвора в самозарядном режиме расположена справа на затворной раме. Ствольная коробка ружья изготовлена из алюминиевого сплава, приклад и цевье - из пластика.